Na página da emissão da NF-e, você pode clicar no botão Editar na seção Produtos.
Para destacar ICMS, você pode usar o CSOSN 900.
Para destacar IPI, PIS ou COFINS, você pode usar o CST 99 para saídas, e 49 para entradas, além de marcar a opção "BC IPI/PIS/COFINS Cheia".