Depósitos são utilizados em casos em que o negócio possui mais de um estoque, em que há vários almoxarifados, por exemplo.
Para criar depósitos basta ir:
No menu Lateral, clique em Cadastros, e então em Depósitos
Clique no botão Adicionar
Defina um nome para o novo depósito
Caso, você necessite que o novo depósito seja padrão em suas vendas, no momento da inclusão de uma venda, marque a opção sim.