Após faturar um pedido, você ainda pode editar alguns campos normalmente, como transportador, vendedor, comissão, observações, campos personalizados, etc.
Porém, não é possível editar quais campos que vão alterar valores, quantidades ou itens do pedido. Isso é, não é possível incluir, remover ou alterar itens, nem suas quantidades.
Caso você precise fazer isso, é preciso cancelar o faturamento do pedido.
Para fazer isso, depende se já foi emitida NFe do pedido. Caso sim, você pode ir na página da NFe, em Vendas > Notas Fiscais de Saída, clicar na NFe e depois em Ações > Cancelar NFe. Coloque uma justificativa para a SEFAZ e realize o cancelamento da NFe. O prazo de poder cancelar uma NFe depende do estado, mas gira em torno de 1 a 7 dias. Você pode tentar fazer o cancelamento, e caso não seja possível, a SEFAZ vai retornar a mensagem avisando. Após cancelada a NFe, o pedido fica liberado para todas as edições, e você pode faturar novamente depois.
Caso o pedido não tenha NFe emitida, você pode cancelar o faturamento na página do pedido em Ações > Cancelar > Alterar status para aberto.