Por padrão, os itens da venda saem do estoque quando ela é faturada.
Para isso, a venda precisa estar aprovada, com status “Em aberto” ou “Cancelado” e o usuário precisa ter permissão de faturar pedidos.
Caso sim, a opção Faturar irá aparecer no menu Ações da página do pedido.
Caso precise dar saída nos itens do pedido antes de faturar, você pode ir em Ações > Movimentar itens, na página do pedido.