Na tela da emissão do MDF-e, verifique se na seção Documentos, os municípios e UFs de descarga, são da mesma UF do campo "UF do Descarreg" na parte de cima da tela, na parte de percurso.
A SEFAZ exige que os municípios de descarga das NFes/CTes sejam todos no mesmo UF do campo de UF do descarregamento.