Você pode ir em Cadastros > Contas bancárias, clicar na conta > Ações > Editar
Marcar a opção “Permitir boletos nessa conta?" e preencher todos os campos. Esses dados você consegue com o gerente da sua conta no banco
Depois de salvar, você pode fazer a homologação que geralmente o banco exige, ou seja, um boleto e remessa de testes. Você pode criar um pedido de venda de teste, com método de pagamento Boleto Bancário e na conta em questão, lançar ele no financeiro, e aí tanto no lançamento quanto na venda irá aparecer a opção Gerar boleto, onde será gerado o PDF
Para gerar o arquivo remessa você pode ir em Financeiro > Remessas > Gerar remessa, selecionar esse boleto e gerar
Com o arquivo remessa e o PDF do boleto, você pode enviar ao banco para homologação
Depois da homologação, você pode começar a emitir os boletos pelo sistema e criar as remessas e enviar ao Internet Banking. A opção de gerar boletos irá aparecer na NF, nas vendas, e na página do lançamento em si. Não é necessário ficar gerando uma remessa para cada boleto ou NF, você pode por exemplo gerar apenas ao final do dia e juntar todos os boletos do dia. É importante apenas lembrar de enviar para o banco, caso contrário os boletos não são registrados e o cliente não conseguirá pagar o boleto se tentar ler o código de barras