Na janela de quitação do lançamento existe suporte para:
Desconto
Juros/Multa
Você pode preencher esses campos conforme a necessidade do caso.
O valor efetivamente considerado na quitação é:
valor informado - desconto + juros
O sistema também protege contra um cenário comum:
se o desconto for maior que o valor pago mais juros, ele ajusta o desconto e exibe alerta.