Sim. Cada variação pode ter seu próprio preço, custo, margem e preço mínimo.
Caso você deixe os campos de preço, custo, margem ou preço mínimo em branco na variação, o sistema irá considerar o valor do item principal para o campo específico.
Você pode inclusive ter variações com preços preenchidos e outros não. Um exemplo:
Um produto tem 3 variações: azul, vermelho e amarelo.
O vermelho tem o preço R$10,00, enquanto os outros tem o preço R$8,00.
Você pode preencher o preço de R$8,00 na aba Info principal do item, deixar esse campo em branco nas variações azul e amarelo, e na variação vermelho, preencher com R$10,00.
Você também pode optar por replicar automaticamente o preço do item principal para todas as variações marcando a opção "Alterar preço das variações conforme preço principal".