Quando o transporte passa por UFs (estados) entre a UF de carregamento e a UF de descarregamento, você deve marcar "Inserir Percurso" e adicionar cada UF intermediária.
Não coloque o estado de origem nem o de destino no percurso.
É importante que a ordem seja exatamente a que o caminhão irá passar, incluindo todos os estados. Por exemplo, se o estado de origem for o Paraná, e você informar que o primeiro estado do percurso é a Bahia, a SEFAZ irá rejeitar o manifesto indicando percurso inválido, pois esses dois estados não possuem fronteira, então é preciso informar todos os estados que o veículo irá passar, na ordem exata, até chegar ao estado de destino.
Isso é muito importante, pois caso o veículo seja parado em uma fiscalização em um estado que não foi incluído no percurso, você pode ser multado.
O sistema memoriza as rotas utilizadas anteriormente para facilitar o preenchimento futuro.