Os dois campos se complementam, mas não fazem a mesma coisa.
Categoria responde: que tipo de receita ou despesa é essa?
Exemplos:
energia elétrica;
frete;
matéria-prima;
serviços de terceiros.
Centro de custo responde: para onde esse valor deve ser atribuído internamente?
Exemplos:
produção;
manutenção;
administrativo;
logística;
célula de usinagem.
Resumo prático:
categoria classifica a natureza do lançamento;
centro de custo classifica a responsabilidade interna pelo valor.