Use Receita quando a categoria representar entrada de valor.
Exemplos:
vendas;
prestação de serviços;
receitas financeiras.
Use Despesa/Custo quando a categoria representar saída de valor.
Exemplos:
matéria-prima;
manutenção;
energia;
despesas administrativas;
fretes;
tarifas bancárias.
Na interface, isso impacta diretamente o uso da categoria:
categorias de Receita aparecem nos lançamentos A receber;
categorias de Despesa/Custo aparecem nos lançamentos A pagar.
Ou seja: a mesma categoria não deve ser pensada para servir ao mesmo tempo como receita e despesa.