As causas mais comuns:
A base de cálculo da empresa não é o valor líquido (pode ser margem, valor da NF, lançamentos pagos etc.);
O vendedor tem comissão progressiva e o total do período caiu em outra faixa;
A venda está em moeda estrangeira e foi convertida pela taxa de câmbio;
O percentual foi alterado no pedido no momento da venda (o relatório usa o que está gravado em cada pedido, não o percentual atual do cadastro).