Nota Autorizada não ganha EAN depois. A SEFAZ guarda o XML que foi autorizado. Incluir o código no cadastro, ou na nota já autorizada, não reescreve essa autorização.
Onde o EAN mora
No item, o campo EAN é o código de barras comercial (GTIN). É esse valor que pode ir para a NF.
EAN interno (Não sai na NF) e EAN interno (Não sairá na NF) ficam só no cadastro. Não entram na nota.
Na emissão, em Editar informações do produto, seção Informações básicas, o campo também se chama EAN. Ele só é editável antes da autorização.
O que fazer
Se a nota ainda não foi autorizada e a SEFAZ devolveu GTIN inválido, corrija o EAN do item e retransmita. O caminho da rejeição está em Rejeição 611: GTIN (cEAN) inválido.
Se a nota já está Autorizada, grave o EAN comercial no cadastro do item (ou da variação) para a próxima NF. A nota autorizada permanece como foi emitida.
A Emitir CCe (carta de correção) abre a janela Emitir Carta de Correção. O aviso da janela diz que a carta não serve para variáveis que determinam o valor do imposto, nem para trocar remetente, destinatário ou datas. Ela não recoloca o EAN no XML autorizado.
O que isso não faz
Não edita o XML autorizado.
Não faz a SEFAZ aceitar um EAN que não estava na nota autorizada.
Não trata MDF-e, boleto, NFC-e nem nota de prefeitura.
Índice das rejeições: Recebi uma rejeição da NF-e. O que fazer?.