Quando a conciliação cria um lançamento novo em vez de ligar um que já existia, o extrato fica com duas linhas para o mesmo pagamento. Dá para desfazer na própria conciliação ou apagar os lançamentos que sobraram.
Desfazer na conciliação
Abra Financeiro > Conciliação. Na linha já conciliada, clique em Desfazer conciliação. A janela se chama Desfazer Conciliação.
Desvincular conciliação solta o vínculo e mantém os lançamentos.
Excluir lançamento(s) apaga os lançamentos daquela conciliação. Só aparece com a permissão Excluir em Lançamentos financeiros. Se a linha foi conciliada por pagamento, o rótulo é Excluir pagamento.
Ao escolher excluir, o aviso diz que a exclusão é irreversível. Confirme em Executar ação.
Na próxima conciliação
No registro do extrato, use Procurar lançamento e ligue o lançamento que já existe, em vez de Adicionar novo lançamento. O passo a passo está em Como conciliar o extrato bancário no dia a dia: https://ajuda.sensio.com.br/en/articles/13240912
Apagar os que sobraram
Relatórios > Lançamentos Financeiros. Filtre, marque os lançamentos e, em Ações, clique em Excluir Selecionados. Exige a permissão Excluir em Lançamentos financeiros. A janela Remover lançamentos avisa que a exclusão é irreversível. O botão é Remover N Lançamentos.
O mesmo item existe em Financeiro > Lançamentos, no menu Ações, com o nome Excluir selecionados, depois de marcar as linhas.