Na página da emissão da NFe, você pode clicar em Editar na seção Produtos, e na parte do IPI, marcar a opção "IPI Devolvido", e preencher o campo "Valor do IPI Devolvido".
Esse valor é por item, então caso a NF tenha mais de um item, é preciso informar o valor do IPI individual em cada item.
Caso tenha dúvidas de como gerar uma NF de devolução, confira esse guia:
Como emitir NF-e de Devolução?