Pode ser, dependendo da opção escolhida na importação.
Quando a geração financeira está ativa, o sistema pode criar os lançamentos a pagar com base nas parcelas da NF-e e nos dados preenchidos na seção financeira.
Se a nota já estiver quitada, o preenchimento pode marcar os títulos como pagos, desde que os campos de pagamento tenham sido informados corretamente.
Se você associar a um pedido de compra que já tinha contas lançadas, o sistema automaticamente desmarca a opção de gerar no financeiro para evitar duplicidade. Se não estiver associando a um pedido, mas esse for o caso, você pode desmarcar a opção de gerar contas no financeiro manualmente.
Você pode ainda lançar mesmo assim no financeiro, por exemplo no caso de um adiantamento ter sido feito e lançado no financeiro manualmente antes, e então usar a opção de compensação (Relacionar títulos, no menu Ações do lançamento), para abater o valor.