Apenas contas com a configuração de boleto ativada aparecem. Acesse o cadastro da conta bancária e verifique se a opção de emissão de boleto está habilitada e se todos os campos obrigatórios estão preenchidos (agência, conta, dígito, convênio, código do beneficiário, carteira, número de remessa, último nosso número).
Configurando para emitir boletos:
Como configurar para gerar boletos via remessa bancária
Usando a opção de remessa